ทางการญี่ปุ่นแนะนำประชาชนกว่าแสนคนทางภาคใต้ รีบอพยพออกจากบ้านไปพำนักที่ศูนย์พักพิงชั่วคราว หลบภัยพายุไต้ฝุ่น โกนิ ที่ยังมีกำลังแรง เคลื่อนตัวด้วยความเร็วลมถึง 180 กม./ชม.เป็นเหตุให้เกิดลมกระโชกแรงจัด ฝนตกหนัก จนเครื่องบินและรถไฟต้องยกเลิกให้บริการผู้โดยสาร
เมื่อวันที่ 25 ส.ค.58 สำนักข่าวต่างประเทศรายงานความคืบหน้า อิทธิพลของพายุไต้ฝุ่นโกนิ ส่งผลให้เกิดลมกระโชกแรงจัดและฝนตกหนักมาก ในบริเวณภาคใต้ของประเทศญี่ปุ่น เมื่อวันอังคารที่ 25 ส.ค.58 จนเจ้าหน้าที่ทางการได้แนะนำให้ประชาชนกว่า 100,000 คน ควรอพยพออกจากบ้านไปพำนักที่ศูนย์พักพิงชั่วคราวเพื่อความปลอดภัย เนื่องจากลมพายุรุนแรงมาก เคลื่อนตัวด้วยความเร็วถึง 180 กม./ชม.
ความรุนแรงของพายุที่ทำให้ต้นไม้หักโค่น เสาไฟฟ้าล้มเอนจำนวนมาก เป็นเหตุให้มีชาวญี่ปุ่นได้รับบาดเจ็บกว่า 20 คน ขณะที่การให้บริการเดินทางโดยเครื่องบินและรถไฟต้องถูกยกเลิก เนื่องจากกระแสลมแรงจัดและมีฝนตกหนัก โดยสำนักอุตุนิยมวิทยาของญี่ปุ่นคาดการณ์ว่า พายุไต้ฝุ่นโกนิจะยังคงเคลื่อนตัวไปในทิศทางขึ้นเหนือ โดยจะเคลื่อนตัวถึงตอนกลางของทะเลญี่ปุ่นในเช้าวันพุธที่ 26 ส.ค.นี้
ก่อนหน้านี้ พายุไต้ฝุ่นโกนิ เป็นเหตุให้เกิดฝนตกหนักทางภาคเหนือของฟิลิปปินส์ จนดินสไลด์ถล่มลงมาจากเชิงเขาถมทับบ้านเรือนประชาชน และยังก่อให้เกิดน้ำท่วมเป็นบริเวณกว้าง เป็นเหตุให้มีผู้เสียชีวิตอย่างน้อย 21 ราย อีกทั้งอิทธิพลของไต้ฝุ่นโกนิ ยังทำให้ฝนตกหนักในนครเซี่ยงไฮ้ ทางตะวันออกของจีน จนเกิดน้ำท่วมในหลายพื้นที่ของเมือง
