กลิ่นปากที่มีสาเหตุมาจากภายนอกช่องปาก มีเพียงประมาณร้อยละ 10-20 ของผู้ที่มีกลิ่นปากเท่านั้น
ปัญหาของระบบทางเดินอาหารอาจจะทำให้เกิดกลิ่นออกมาในทางเดินอาหารย้อนกลับขึ้นมาเป็นเกิดกลิ่นปากได้ซึ่งเกิดได้จากหลายสาเหตุ
การเคี้ยวอาหารที่ไม่ละเอียดพอทำให้กระเพาะอาหารต้องใช้เวลาในการย่อยอาหารนานขึ้นเมื่ออาหารอยู่ในกระเพาะนานเกินไป จะเกิดก๊าซขึ้น ทำให้เกิดอาการท้องอืด จุกเสียด แน่นท้อง เรอออกมามีกลิ่นของน้ำย่อยในกระเพาะอาหาร และกลิ่นจากอาหารภายในกระเพาะอาหารอยู่ในช่องปาก โรคกรดไหลย้อนจะทำให้อาหาร น้ำย่อยและกรดภายในกระเพาะอาหารไหลย้อนขึ้นมาด้านบนทางหลอดอาหารเข้าสู่ลำคอ ผู้ป่วยจะมีอาการเรอเปรี้ยว เจ็บ หรือแสบบริเวณหน้าอก เสียงแหบ ไอ มีเสมหะในลำคอ และทำให้มีกลิ่นปากได้
อาหารรวมถึงเครื่องเทศหลายชนิดมีกำมะถันเป็นองค์ประกอบ เมื่อถูกย่อยจะเกิดก๊าซที่มีกำมะถันซึ่งทำให้เกิดกลิ่นได้ ยกตัวอย่างอาหารที่เป็นสาเหตุ เช่น กระเทียม ต้นหอม หัวหอม สะตอ ทุเรียน ขึ้นฉ่าย ฯลฯ รวมทั้งอาหารประเภทโปรตีนทุกชนิด เช่น เนื้อสัตว์ เมื่อรับประทานอาหารเข้าไปร่างกายจะย่อยสลายอาหารเป็นสารโมเลกุลเล็กๆ ไหลเวียนไปส่วนต่างๆ ของร่างกาย และขับออกมาทางน้ำลาย เหงื่อ ปัสสาวะ ซึ่งทำให้มีกลิ่นได้
วิธีการแก้ไขนั้น เริ่มตั้งแต่ปรับพฤติกรรมการบริโภคอาหาร โดยการเลือกรับประทานผักและผลไม้ให้มากขึ้น ลดอาหารประเภทเนื้อสัตว์ลง นอกจากจะช่วยลดกลิ่นปากแล้ว ยังส่งเสริมให้มีสุขภาพแข็งแรง หลีกเลี่ยงการรับประทานอาหาร ผัก ผลไม้ เครื่องเทศที่มีกลิ่น ปรับพฤติกรรมการเคี้ยวอาหารให้นานขึ้น เคี้ยวให้ละเอียดก่อนกลืน เมื่อรับประทานอาหารอิ่มแล้วไม่ควรล้มตัวลงนอนราบ ควรรอสัก 2-3 ชั่วโมง เพื่อให้อาหารย่อยและไหลผ่านกระเพาะอาหารไปก่อน ไม่ดื่มน้ำเยอะเกินไปขณะรับประทานอาหาร เพราะน้ำจะไปเจือจางกรดในกระเพาะอาหารทำให้การย่อยอาหารช้าลง เกิดอาการท้องอืดได้
หากพบทันตแพทย์และรักษาสาเหตุในช่องปากจนครบทุกอย่างแล้วยังมีกลิ่นปากอยู่การปรับพฤติกรรมการรับประทานอาหารอาจช่วยลดกลิ่นปากลงได้แต่หากมีอาการของโรคกรดไหลย้อนควรไปพบแพทย์เพื่อตรวจวินิจฉัยและรับการรักษา
